Ngựa có màu lông rất đa dạng, qua quá trình chọn lọc nhân tạo của con người tạo nên đa dạng sắc lông theo từng tên của giống ngựa. Trong khi rất nhiều loài động vật hoang dã có màu lông tương đối giống nhau (đồng nhất), nhưng động vật nuôi, chẳng hạn như ngựa lại có rất nhiều kiểu màu lông. Điều này phần lớn là do khác biệt trong chọn lọc động vật hoang dã khác với quần thể giống nuôi nhốt. Toàn thân ngựa được phủ một lớp lông ngắn, mịn nhưng lông phía trên cổ (bờm), sau gót chân và đuôi thì rất dài, hơi xù. Phần lớn các loài ngựa chỉ mang một màu lông, dù gam sắc đa dạng: ngựa trắng, ngựa hồng, ngựa vàng, ngựa xám, ngựa nâu, ngựa đen. Một số ít loài có 2-4 màu lông (ngựa khoang hay ngựa lang) thậm chí là nhiều màu lông (ngũ sắc).

Theo cách phân chia của phương Tây: Màu sắc con ngựa thường được xác định bởi các màu sau như: Màu Bay hay màu be (màu nâu đỏ sáng đến màu nâu tối), màu nâu thường (Brown), màu hạt dẻ/Chestnut (màu đỏ không có màu đen), màu gan/Liver (màu nâu rất tối), Sorrel (màu đỏ, giống màu sắc của một đồng xu mới), màu xám (lông đen và trắng hoặc màu trắng hỗn hợp), màu muối tiêu (Salt và Pepper) hoặc màu xám thép/"steel" gray (lông trắng và đen đều trộn lẫn trên hầu hết trên cơ thể), Dapple gray (màu tối đậm xen với màu xám nhẹ), Fleabitten gray (màu đỏ lấm tấm khắp lông), đốm hồng/Rose gray (màu xám với một màu hơi đỏ hoặc màu hồng nhạt pha với nhau).

Theo cách phân chia của phương Đông: Ngựa mà tuyền màu trắng gọi là ngựa bạch (lông toàn màu trắng), lông trắng có chen một ít đen gọi là ngựạ kim (lông màu trắng mốc), lông đen tuyền gọi là ngựa ô, đen pha tí chút đỏ gọi là ngựa khứu, đen pha nhiều đỏ gọi là ngựa hởi, đen pha đỏ tươi là ngựa vang, lông màu đen pha đỏ đậm là ngựa hồng, trắng đen pha chút đỏ là ngựa đạm, lông tím đỏ pha đen thì gọi là ngựa tía, trắng sọc đen là ngựa vằn, ngoài ra còn có ngựa xám, ngựa đỏ, ngựa bích. Màu sắc lông ngựa được ghi lại trong sách Trung Quốc có 20 loại ngựa trên cơ sở sắc màu của chúng. Ở Việt Nam một số quan niệm phân định 14 loại sắc lông ngựa gồm: Ngựa Hạc; Ngựa Hởi; Ngựa Kim; Ngựa Ô; Ngựa Hồng; Ngựa Tía; Ngựa Ðạm; Ngựa Khứu; Ngựa Chuy; Ngựa Séo; Ngựa Bích; Ngựa Qua; Ngựa Phiếu; Ngựa Thông.

• Ngựa xám là loại da đen, có lông trắng pha đen, như con ngựa lùn Connemara từ Ailen.
• Ngựa đốm xám xuất hiện khi các lông xám sẫm tạo thành các vòng đốm trên nền xám nhạt hơn, như ở con ngựa Orlov Trotter này từ nước Nga (ngựa nước kiệu Orlov).
• Ngựa Palomino (tên chỉ màu, không phải chỉ nòi) có màu lông vàng, bờm và đuôi trắng, như ở con ngựa lùn Haflinger này từ nước Áo.
• Ngựa hạt dẻ có màu nâu đỏ, với các mức độ đậm nhạt khác nhau, như ở con French Trotter này từ xứ Nóocmăngđi, Pháp (ngựa nước kiệu Pháp).
• Ngựa hồng lông đỏ hồng, bờm và đuôi đen và các "điểm" đen khác (tai, cẳng chân, mõm) như con ngựa hồng Cleveland này từ nước Anh.
• Ngựa nâu có lớp lông nâu pha đen, bờm, đuôi và cẳng chân nâu, như ở con ngựa Nonius này từ Hungari.
• Nòi Arập là một nòi ngựa quí tộc với cái đầu trang nha, các chi mảnh mai, đuôi vểnh cao và tính khí hung hăng. Nòi ngựa này được chăm nuôi cẩn thận, được giữ gìn nòi giống suốt hàng ngàn năm ở các nước ban đầu tại vùng Bắc Phi và Arập. Ngựa thuần chủng Arập bốn tuổi, màu hồng pha gụ Lớp lông phủ nhiều màu
• Nòi ngựa Bắc Phi (Barb) và bộ tộc Berber: Nòi Barb chỉ nhường cho nòi Arập vị trí nòi ngựa đầu tiên trên thế giới, từ lâu đã được bộ tộc Berber ở Bắc Phi cưỡi.